真空冷冻干燥中的加热方式有一般辐射加热、接触加热和微波加热。

一般辐射加热和接触加热都是随着干燥中升华表面向内退缩，已干层的厚度愈来愈厚，冻结层愈来愈薄，相应的传质阻力愈来愈大。

微波加热可以克服常规干燥热传导率低的缺点，从物料内部开始升温，并由于蒸发作用使冰块内层温度高于外层，对升华的排湿通道无阻碍作用。它还可以有选择性地针对冰块加热，而已干燥部分却很少吸收微波能，从而干燥速率大大增加，干燥时间可比常规干燥缩短1倍以上。

此外，因微波真空冷冻干燥物料速度快，物料内冰块迅速升华，因而使得物料呈多孔性结构，更易复水和压缩，而且可更好地保留挥发性组分3种加热方式，过去用得较多的是接触加热和一般辐射加热，而微波加热可使加热周期大大缩短，加工成本降低。

较多的应用于较厚的物料和具有较低的热降解温度或高附加值的物料，为现在真空冷冻干燥技术中Z多采用的加热方式。